Pada poin ketiga dalam Liturgi HKBP adalah Pengakuan Dosa. Pengakuan dosa ini adalah satu kesinambungan dengan Hukum Tuhan yang sebelumnya telah disuarakan. Itu artinya fungsi Hukum Tuhan adalah sebuah cermin untuk mengetahui kelemahan dan kelalaian kita. Maka respon kita adalah tunduk dan mengakui bahwa kita manusia berdosa.

Dalam Pengakuan Dosa, perlu untuk diketahui bahwa “Pengampunan dosa itu belum terjadi”, sekalipun telah disuarakan “Janji Allah akan keselamatan”, tetapi pengampunan dosa itu terjadi pada saat “Perjamuan Kudus” dilaksanakan. Itu sebabnya liturgi HKBP haruslah dilanjutkan dengan perjamuan kudus, namun hal ini jarang terjadi, sedikitnya 2 kali dalam setahun akan dilakukan Perjamuan Kudus. Ada 4 hal yang perlu diketahui dalam pengakuan dosa ini, yaitu: 1. Konfession yaitu pengakuan akan dosa dan kesalahan yang dilakukan, sebuah pernyataan dari jemaat kepada Allah; 2. Janji Allah akan keampunan dosa kita. Yaitu pernyataan Allah bahwa kemenangan itu akan diberikan kepada orang yang percaya, sekalipun belum dinyatakan, tetapi janji itu adalah sebuah kunci bahwa orang percaya akan dimenangkan; 3. Nyanyian Malaikat. Lukas 15:10 berkata: “Demikian juga aka nada sukacita pada malaikat-malaikat Allah karena satu orang berdosa yang bertobat”. Itulah sebabnya janji Allah itu ditutup dengan nyanyian malaikat; 4. Respon jemaat mengenai pengampunan dosa yang akan terjadi dalam diri orang percaya.